Un archivo básico de latex es el siguiente:
\documentclass{article}
% La parte del documento entre \documentclass y \begin{document}
% se le conoce como "preámbulo"
\begin{document}
\end{document}
En LATEX lo que importa es la estructura del documento. Un documento
tipo letter no tiene estructura. Un documento tipo article
permite las estructuras \section{}, \subsection{} y
\subsubsection{}. Un documento tipo report, además de las estructuras
para article, permite el uso de partes (\part{}). Finalmente,
un documento tipo book, además de las estructuras anteriores permite el
uso de capítulos (\chapter{}).
Para la escritura de la tesis se usa un documento tipo book.
En LATEX cada capítulo puede separarse en un archivo aparte, de esta manera se facilita la búsqueda y edición del texto.
\documentclass{book}
% el "preámbulo"
\begin{document}
\frontmatter % Habilita la enumeración en romanos
\input{portada} % incluye el archivo portada.tex
\mainmatter % Habilita la enumeración en arábicos
\input{introduccion} % incluye el archivo introduccion.tex
\input{teoria} % incluye el archivo teoria.tex
% etc.
\end{document}
Se sugiere también crear distintos directorios para los archivos de las figuras e imágenes de cada capítulo.